Les habitats et les espèces du site Natura2000 « Plaine de Vergelin – Fontigon, Gorges de Châteaudouble, Bois des Clappes » peuvent être soumis à des menaces qu'il convient de réduire pour les maintenir dans un bon état de conservation.
Au vu de la valeur patrimoniale des habitats et espèces, et des risques subis, les enjeux de conservation sont :
- le maintien de la mosaïque des habitats
- le maintien de l’état de conservation des habitats aquatiques et de la qualité des eaux
- le maintien des corridors écologiques
- le maintien des habitats rocheux et grottes
- le maintien des bâtis
- le maintien des habitats d’espèces
Tous ces enjeux, mis en évidence dans le document d'objectifs, se traduisent par des "fiches actions" qui détaillent les opérations techniques à mettre en œuvre pour répondre aux objectifs de conservation du site. Ces fiches sont présentées dans le Tome 2 du DOCOB.